De opstand
In de jaren zestig van de zestiende eeuw had een nieuwe godsdienstleer, het protestantisme, sympathie gekregen onder kapitaalkrachtige ondernemers in Haarlem, zoals brouwers en moutmakers en onder jongeren uit de magistraatfamilies. Predikers begonnen overal te spreken, vooral in de open lucht. Die openluchtpreken, de zogenaamde hagenpreken, waren heel populair.
In 1566 werden talloze kerken en kloosters bestormd en kort en klein geslagen, een gebeurtenis die bekend staat als de beeldenstorm. De religieuze gebouwen in Haarlem bleef deze storm bespaard. Het stadsbestuur had de betreffende gebouwen tijdig afgesloten en onder bewaking gezet.
De religieuze onrust begon samen te vallen met de onvrede op bestuurlijk vlak. Veel stadbesturen en edelen vonden de politiek van de Spaanse koning, onder wiens bewind de Nederlanden vielen, onuitvoerbaar. De opstand van een groot aantal steden tegen de koning leidde uiteindelijk in 1568 tot het begin van de Tachtigjarige Oorlog.
De reformatie
Haarlem werd in 1572-1573 belegerd door Spaanse troepen nadat de stad zich had aangesloten bij de opstand tegen Spanje. Een paar jaar later, in 1577, trok de Spaanse bezetter zich definitief terug uit Holland en Haarlem. Het stadsbestuur sloot samen met andere Hollandse steden een verdrag met Willem van Oranje, het begin van de Staten van Holland. De gereformeerde eredienst werd ingevoerd, vanaf dat moment was de gereformeerde kerk de enige officieel toegestane kerk.
Niet lang daarna werd de Grote- of St.-Bavokerk in gebruik genomen door de gereformeerden. Het bisdom Haarlem werd door de Staten van Holland opgeheven en kloosterkerken en kapellen werden openbaar verkocht voor hergebruik of sloop. De Staten wezen Haarlem de opbrengsten toe van de verkoop van kloostercomplexen. Kloosterlingen mochten in hun kloosters blijven wonen maar geen nieuwe kloosterlingen aannemen. Als de laatste kloosterling van een orde was overleden, confisqueerde het stadsbestuur de gebouwen en gronden voor hergebruik, sloop of verkoop.
Waalse kerk
In 1586 kreeg de protestantse gemeenschap van de Walen, die uit de Zuidelijke Nederlanden naar Haarlem waren getrokken, de vroegere kerk van het begijnhof toegewezen.
Om het gebouw zo efficiënt mogelijk te kunnen gebruiken werd de kerk door het stadsbestuur opgedeeld in een paar kleinere ruimtes. Een muur tussen het koor en het schip splitste de ruimte in twee delen. Het koor werd door de Waalse gemeente gebruikt, de rest van het pand werd gebruikt voor niet-religieuze doeleinden. Zo werd dit deel lange tijd gebruikt voor de opslag van munitie en als stedelijke looihal, waar de lakenstof uit Haarlem werd gekeurd en voorzien van een kwaliteitszegel, een lakenloodje.
In de tweede helft van de zeventiende eeuw vluchtten veel Fransen naar het noorden, op de vlucht voor de vervolgingen door de Franse koning. Nu er ongeveer tweeduizend Hugenoten in Haarlem kwamen, werd de Waalse kerk te klein voor het herbergen van de gelovigen. In 1661 werd de voormalige sacristie verbouwd tot consistoriekamer. De muur tussen koor en schip werd een travee verplaatst zodat de kerkruimte iets groter werd.
Toen in de achttiende eeuw de looihal zijn functie verloren had, werd de beschikbare ruimte gebruikt als woning voor de koster. Aan het einde van de achttiende eeuw kreeg de Waalse gemeente het gehele kerkgebouw in eigen bezit, tot op de dag van vandaag.
In de achttiende en negentiende eeuw werden nog verschillende verbouwingen, verfraaiingen en restauraties uitgevoerd en is er een orgel geplaatst.
Meer informatie over het kerkgebouw en over de recente restauratie kunt u in het boek lezen: Gestolde tijd. Waalse kerk van Haarlem. Hoe een restauratie geleidelijk de historie blootlegt van de vroegere Begijnkerk, de oudste kerk van Haarlem. C. Bouwstra, S. Gerrits, W. Choufour. 2019.